Можно ли изменить шапку шаблона d3 default через поле «свои css стили» в админке?

Нина, конечно можно! И не только шапку сайта можно здесь настраивать. Только обращаю ваше внимание, что при прописывании своих стилей вам, возможно, потребуется более внимательное отношение к правилам каскадирования в css и использование !important в значениях стилевых свойств чтобы ваши настройки повлияли.